Nato nel 1961 a Fukushima  Junya Watanabe entra in Comme des garçons nel 1984 dopo la laurea in Design al Bunka fashion College. La sua carriera di designer è cominciata lavorando per Comme des Garçons Tricot nel 1987. Nel 1992, ha disegnato la sua prima collezione donna Junya Watanabe, sotto l’egida di Comme des Garçons. Collezione presentata alla Tokyo Fashion week e un anno dopo alla Paris Fashion Week. Ha ricevuto il Mainichi Fashion Grand prix nel 1993 e 1999.